骷髅人的故事设定在一个“架空的时代”的“架空的日本”中，故事舞台则是一个在被称为“影之都”的巨大企业支配下的闭锁都市舞台因远古秘宝骷髅头盔而拥有超能力的“反英雄”未知主角在这个架空的舞台上，在正义与邪恶、光明与黑暗、人类与非人类的瓜葛之间穿梭。作为黑暗英雄，一切的怜悯与同情都是多余的。骷髅人并非是善良的正义英雄，在向他露出獠牙之前请考虑清楚。 骷髅人到底是谁？这是本作品的一个特色，不到最后时刻是不会揭示骷髅人的真面目的。可能是主角？可能是貌似善良无能的神父？可能是大伴集团的骨干分子？可能是有名无实的警方？可能是路人A或提供情报者B？现在唯有等待动画中可能提供的线索或一直看到最后………